Las Líneas de Investigación del Instituto están inmersas en el trabajo de investigación que realizan los tres grupos que lo conforman (GenSil, GIMEFOR y BIODESUS), a continuación se mencionan cada una de ellas:
- Cambio Climático: Conservación de la Biodiversidad y Alternativas para el Desarrollo Sustentable.
- Economía Ambiental: Sostenibilidad de plantaciones forestales.
- Dinámica del Bosque Tropical.
- Inventario del recurso vegetación y biometría.
- Impacto ambiental.
- Desarrollo forestal participativo.
- Mejoramiento Genético de especies forestales.
- Manejo Silvicultural del Bosques tropical.
- Establecimiento, manejo y evaluación del rendimiento de plantaciones forestales.
- Planificación del aprovechamiento.