El Instituto de Silvicultura fue creado según Decreto Rectoral de fecha 10 de julio de 1962, previa aprobación del Consejo Nacional de Universidades en fecha 29 de junio de ese mismo año, y es a partir de enero de 1963 cuando inicia sus actividades formales. El Instituto surge por la necesidad de elevar la cátedra de Silvicultura de la Escuela de Ingeniería Forestal a una unidad académica de mayor importancia motivado al cúmulo de investigaciones y estudios que se desarrollaban en la mencionada cátedra.
Desde su creación en los albores mismos de las Ciencias Forestales en el país, el Instituto ha sido el impulsor e iniciador de la vasta tarea del manejo científico de los recursos forestales en Venezuela, para lo cual desarrolló métodos y técnicas adecuadas para el establecimiento y manejo de plantaciones forestales, que con fines de producción y protección, ya destacaba su potencialidad para contribuir al desarrollo sustentable del país.
Durante el período comprendido entre julio y diciembre de 1962, se desarrolla la etapa pre-operativa y es hasta el 1º de enero de 1963, cuando inicia sus actividades formales, encabezada por el profesor Hans Lamprecht, de origen Suizo, quien obtuvo el nombramiento como primer Director del Instituto, ejerciendo funciones en el cargo por un periodo de 3 años.
En ese entonces se definieron seis grandes áreas de investigación en las cuales el instituto tendría competencias, siendo estas:
- Ecología Forestal,
- Genética y Propagación Forestal,
- Viveros y Plantaciones Forestales,
- Planificación y Manejo Silvicultural,
- Ordenación Forestal,
- Plagas y Enfermedades Forestales.
Para el año 1994, transcurridas más de tres décadas de funcionamiento del Instituto de Silvicultura y habiendo sufrido cambios organizacionales importantes, se analiza que los desarrollos que impulsaron y facilitaron la institución desbordaron su capacidad, tanto en estructura como en recursos, disminuyendo sus posibilidades de respuesta oportuna ante las exigencias de la sociedad. En consecuencia se aprovechó el llamado a revisión formulado por la Universidad de Los Andes para dar inicio al proceso de reorganización del Instituto de Silvicultura, donde se disuelve la estructura por Secciones y se designa una Comisión Provisional quien definiría una nueva misión, programa de investigación y estructura organizativa adaptada a los nuevos requerimientos. Este proceso se llevó a cabo durante 3 años, y finalmente el 22 de enero de 1997, el Consejo Universitario, según resolución Nº 0122 aprobó la propuesta de reorganización del Instituto de Silvicultura, pasando a ser el Instituto de Investigaciones para el Desarrollo Forestal (INDEFOR). 
Durante este proceso se adecuó el nombre de la institución a las necesidades del país, se formuló una nueva filosofía de gestión, actualización de la estructura organizativa y se generó un compendio de normativas que reglamentaría la delegación de funciones del personal y actividades operativas. El INDEFOR con base en las políticas públicas de inclusión, consulta y participación de las comunidades, desarrolla un trabajo caracterizado por la integración de sus miembros en el proceso de toma de decisiones dentro de los diferentes niveles organizativos, así como la vinculación con el entorno social presente en las diferentes estaciones experimentales (Bosque Universitario Santa María, Bosque Universitario Emilio Menotti Spósito, Bosque Universitario San Eusebio, Mococón, La Corcovada, El IREL y Bosque Univeristario El Caimital) que forman parte del Instituto, las cuales han sido utilizadas como aulas abiertas y campos de acción para la investigación y la docencia.