Entre los objetivos fundamentales del Instituto está el de contribuir al desarrollo de la Región Andina, mediante la organización y ejecución de investigaciones de naturaleza agropecuaria; la publicación y divulgación de los resultados de las investigaciones; la prestación de asistencia técnica; la formación del personal idóneo en el campo agropecuario; la colaboración interinstitucional en la promoción para el desarrollo de la región andina; y el establecimiento de las condiciones básicas para el inicio de estudios agronómicos de pre y post-grado en la Universidad de Los Andes.