Las actividades en el IIAP se realizan a través de tres líneas de Investigación:
Producción Vegetal.
Producción Animal.
Comunicación Agrícola y Desarrollo Social.
La máxima autoridad académica-administrativa del IIAP es el Consejo Técnico que esta conformado por el Director y los Coordinadores de las líneas de investigación. En la actualidad el Consejo Técnico esta integrado por:
Profa. Osmary Araque (Directora-Presidente)
Prof. José David Hernández (Coordinador Línea Producción Vegetal)
Profa Adriana Morgado Osorio (Coordinadora Línea Producción Animal)
Personal ATO adscrito a la Dirección del IIAP:
Est. Maria Gabriela Rojas Avendaño, Oficinista.